Анна Голубкина родилась (16) 28 января 1864 года в городе Зарайске Рязанской губернии, в большой крестьянской семье. Рано овдовев, мать Голубкиной, Екатерина Яковлевна, одна воспитывала пятерых детей. Помогал ей в этом дед Поликарп Сидорович Голубкин.
Голубкины имели старообрядческие корни, что отразилось на укладе семьи и на воспитании детей. Все дети знали грамоту и стремились учиться. С ранних лет Анюта, как звали ее в семье, любила рисовать и лепить из глины. Впрочем, заниматься любимым делом было особенно некогда, поскольку все, от мала до велика, были заняты повседневным трудом. В Зарайске и его округе Голубкины славились как огородники. С торговли овощами семья и жила. Некоторое время при доме Голубкиных был постоялый двор.
Только по достижении 25 лет с благословения родных Анна отправилась в Москву на учебу.